师兄以玄一直对与乔以桐抱有变态的占有欲与掌控欲，奉乔光屹的命令让乔以桐交出“源木灵”，但是乔以桐却不肯。以玄愤怒之下竟然对他严刑拷打，骨子里的暴虐阴狠显现出来了。
肖秦虽然想救乔以桐，但是毫无办法。
这时，临风解决完其他势力捣乱的事情，带着凤族力量，攻打风云渡。乔光屹与受伤的临风大战。乔以桐想帮临风，但是也不愿伤害自己的亲生父亲，何况被以玄看守，他根本寸步难行。情急之下竟然与源木灵融合。自己化为一颗参天大树，冲破地牢，并催生出无数草木，压制了乔光屹的行动。乔以桐这才知道原来自己就是神木梧桐。凤凰遇到梧桐则威力大盛，临风乘机带乔以桐走。乔以桐也带着肖秦离开。
神木现世，意味着“源木灵”已经被人驱使，孔雀王本来就和芷姬联合，与等到乔以桐拿到源木灵时从他身边抢走，于是在路上不断埋伏。
乔以桐又要照顾受伤的临风，又要照顾如今已是废人的肖秦，十分艰难。
路上，肖秦看出了他二人的关系，心灰意冷，不想与二人同行。幸得老道士愿意收现在是一一个废人的肖秦为徒，原来老道士曾经是修为极高的散修，虽然现在没有了灵力，但是学过的道家知识还在。乔以桐用心头血帮助肖秦洗筋伐髓，重新获得了修炼的绝佳资质。
道别后，临风与乔以桐来到木族，木族人一向尊敬神木梧桐，在乔以桐的带领下应对孔雀王的一波攻击。孔雀王愤怒之下，得知自己不会拿到源木灵，于是启动第二个计划，利用梧桐咒杀凤凰。这件事情还是要利用芷姬来办。芷姬为了自己的自由和利益，不惜谋害自己的儿子。乔以桐本欲放她自由，但现在却与她彻底断绝关系，让她永远被囚禁在海岛之上。以玄成为了风云渡新一代掌权人。孔雀王与以玄联手，要夺得凤族首领之位。
两方人马不断搏斗，这时争夺麒麟与龙族的支持就显得尤为重要，经过乔以桐和临风的说服，原本倾向于孔雀王的麒麟一族倒向凤凰一方，原本处于观望状态的龙族不再插手此事。经过之前的努力，临风已经将凤族散落的各部收服得七七八八。
孔雀王一方彻底失势，孔雀王不过是殊死一搏。
一番大战，孔雀王被打倒，凤族重新统一，临风夺回了应有的位置。按照惯例，凤凰会举行隆重的仪式，迎回自己的梧桐，但是这一次却有多不同。梧桐娶了凤凰，为木族大大争了光。
凤族吸取教训，并与麒麟族谈判，适当开放成仙之路。
很久以后，老道士得到机缘重新修炼成仙了，留下肖秦在风云渡。在乔光屹的支持下，肖秦成为了风云渡新一代掌门，掌管着如今大大不如以前的风云渡。